Filozofický ústav vznikol v roku 1946 v rámci vtedajšej Slovenskej akadémie vied a umení. V roku 1953 sa stal súčasťou novo založenej Slovenskej akadémie vied. V roku 1975 bol zlúčený so Sociologickým ústavom pod názvom Ústav filozofie a sociológie SAV. V roku 1990, keď sa oba ústavy opäť osamostatnili, vrátil sa k svojmu pôvodnému názvu.
V prvých rokoch existencie ústavu sa jeho pracovníci zameriavali predovšetkým na výskum dejín slovenskej filozofie a filozofie a metodológie vedy.
Výskum dejín slovenskej filozofie bol spočiatku zameraný na hlavné vysokoškolské inštitúcie pôsobiace od 17. storočia na území dnešného Slovenska – jezuitskú univerzitu v Trnave (založená 1635) a evanjelické Kolégium v Prešove (založené 1667). Neskôr sa dôraz presunul na výskum filozofický aspektov slovenského národno-emancipačného hnutia v 18. a predovšetkým v 19. storočí. Na základe dôkladnej analýzy pramenného materiálu vznikla inovatívna interpretácia vývinu slovenského politického myslenia so špecifickým zreteľom na jeho postavenie v stredoeurópskom kontexte. Výskum dejín filozofického a politického myslenia na Slovensku je doposiaľ jednou z nosných oblastí výskumu ústavu, ktorú zastrešuje najstaršie oddelenie na ústave.
V šesťdesiatych rokoch sa na ústave rozvíjali reformné iniciatívy vedeckého bádania smerujúce k novým interpretáciám marxizmu, čoho výsledkom bola užšia spolupráca predovšetkým s predstaviteľmi filozofického myslenia vo vtedajšej Juhoslávii, kde v tom čase prebiehali významne diskusie medzi východoeuróspkymi a západoeurópskymi marxistami a kritickými teoretikmi, naviazané na skupinu Praxis. Po okupácii vtedajšieho Československa vojskami Varšavskej zmluvy nemohol tento typ výskumu vychádzajúci z kritiky dogmatizmu a snažiaci sa o rekonštrukciu autentického marxizmu pokračovať. Vedecká práca ústavu sa preto viac sústredila na prekladateľskú činnosť, výskum dejín filozofie, predovšetkým európskej a na filozofiu a metodológiu vedy a logiku. Zásadným výsledkom dosiahnutým v rámci logiky a metodológie vied je vypracovanie koncepcie vedeckej metódy s podrobnou klasifikáciou typov metód a ich štruktúry, vrátane historických typov racionality.
Nezanedbateľná je aj prekladateľská činnosť pracovníkov ústavu, a to počas celej doby jeho existencie. Vďaka nej sa slovenská kultúra obohatila o kľúčové diela svetovej filozofie. V šesťdesiatych a sedemdesiatych rokoch minulého storočia Filozofický ústav postupne vydal desať zväzkov Antológie z diel filozofov, ktoré slovenskej kultúre poskytli ucelený a diferencovaný obraz dejín filozofie a zároveň významne prispeli ku konštituovaniu slovenskej filozofickej terminológie. V prekladoch kľúčových diel svetovej filozofie ústav pokračoval aj v osemdesiatych rokoch minulého storočia, ktoré vychádzali v edícii Filozofické odkazy. Za všetky uveďme aspoň Kantovu Kritiku čistého rozumu, Hegelovu Logiku ako vedu, Lockovu Rozpravu o ľudskom rozume, práce Bertranda Russella a desiatky ďalších.
V nových podmienkach sa v 90. rokoch výskum posunul smerom k aktuálnym spoločenským výzvam spätým s politickou krízou Československa a vznikom samostatnej Slovenskej republiky v roku 1993, filozofickou reflexiou post-socialistickej transformácie a environmentálneho hnutia a k ďalším významným témam. Po vstupe Slovenska do Európskej únie, sa zintenzívnil výskum v oblasti normativity a predovšetkým ľudských práv, ktorý je v súčasnosti čoraz viac diskutovaný v kontexte nárastu globálnych interakcií, interkultúrnych stretov, umelej inteligencie a klimatickej krízy. Dôležitosť výskumu týchto problémov vyústila v roku 2019 do založenia Oddelenia environmentálnej filozofie a Oddelenia výskumu normativity a ľudských práv.
Začiatkom 90. rokov minulého storočia založené Oddelenie sociálnej filozofie a dejín svetovej filozofie sa sústredilo na výskum hodnotových a normatívnych konfigurácií, ako aj na reflexiu problémov človeka v diferencovanosti jeho sociálnych a kultúrnych určení, v jeho vzťahoch k bytiu, k iným a k sebe samému. Významná časť výskumu sa sústredila na fenomenológiu a filozofickú antropológiu. Aktuálny výskum dejín filozofie sa za zameriava na výskum diel G. W. F. Hegela, S. Kierkegaarda či H. Blumenberga.
Jednou z činností ústavu, a to už od jeho založenia je aj vydávanie filozofického časopisu najprv pod názvom Philosophica slovaca, od roku 1966 ako Filozofia, ktorý je v súčasnosti jedným z mála filozofických časopisov v stredoeurópskom priestore indexovaných v najvýznamnejších vedeckých databázach. Od roku 1994 ústav vydáva aj časopis Organon F zmeraný predovšetkým na analytickú filozofiu.